Анализ влияния на метаболические пути
Метаболические пути — ещё один удобный способ группировки генов. В этом упражнении вы изучите результаты анализа обогащения путей на основе пиков, более выраженных в образцах первичной опухоли. Объект enrich_primary содержит эти результаты. Это список из четырёх элементов. Основной интерес представляет results — фрейм данных с результатами обогащения, упорядоченными по уровню значимости. Он включает идентификаторы и названия наборов генов, а также гены, связанные с пиками, входящими в каждый набор. Здесь гены представлены в виде Entrez ID. Для преобразования Entrez ID в символы генов можно воспользоваться базой данных из пакета org.Hs.eg.db. Функция select() предоставляет удобный интерфейс для выборки записей из столбца SYMBOL по ключевому типу ENTREZID.
Это упражнение является частью курса
ChIP-seq с Bioconductor в R
Инструкции к упражнению
- Изучите топовые наборы генов.
- Извлеките идентификаторы генов для набора с наивысшим рангом.
- Разбейте идентификаторы генов на вектор.
- Преобразуйте идентификаторы генов в символы генов.
Интерактивное практическое упражнение
Попробуйте выполнить это упражнение, дополнив этот пример кода.
# Examine the top gene sets
head(___$results)
# Extract the gene IDs for the top ranking set
genes <- ___$___$Geneset.Peak.Genes[1]
# Split gene IDs into a vector
gene_ids <- strsplit(___, ', ')[[1]]
# Convert gene IDs to gene symbols
gene_symbol <- select(org.Hs.eg.db, keys=___, columns="___", keytype="___")
# Print the result
___(gene_symbol)