НачатьНачать бесплатно

Возвращаемся к PCA и тепловой карте

Теперь, когда вы определили основные различия между образцами, можно построить ещё один набор графиков для их сравнения. Они очень похожи на те, что вы рассматривали раньше, но на этот раз используются только дифференциально связанные пики. Это снижает уровень шума на графике и помогает подчеркнуть различия. Функции построения графиков в пакете DiffBind принимают аргумент contrast, который позволяет указать, какое сравнение использовать при выборе пиков. В этом упражнении вы сопоставите исходные графики с их улучшенными версиями.

Это упражнение является частью курса

ChIP-seq с Bioconductor в R

Посмотреть курс

Интерактивное практическое упражнение

Попробуйте выполнить это упражнение, дополнив этот пример кода.

# Create a PCA plot using all peaks
___(ar_diff, DBA_CONDITION)
Редактировать и запускать код