Аннотирование пиков
В предыдущих упражнениях вы создали таблицу объединённых вызовов пиков по всем образцам (доступна здесь как peaks_merged) и таблицу с аннотациями генов (доступна как human_genes). Теперь пришло время объединить информацию из обеих таблиц с помощью функции annoPeaks() из пакета ChIPpeakAnno. Для каждого пика, достаточно близкого к сайту начала транскрипции гена (определяется аргументом bindingRegion), функция вернёт подробные сведения об этом гене в виде таблицы данных. В том числе столбец insideFeature, указывающий, где именно расположен пик относительно гена.
Это упражнение является частью курса
ChIP-seq с Bioconductor в R
Инструкции к упражнению
- Аннотируйте пики, сопоставив их с ближайшими генами.
- Определите количество пиков, для которых была найдена аннотация гена.
- Создайте сводную таблицу, показывающую расположение пиков относительно генов.
Интерактивное практическое упражнение
Попробуйте выполнить это упражнение, дополнив этот пример кода.
# Annotate peaks with closest gene
peak_anno <- ___(peaks_merged, human_genes, bindingType="startSite", bindingRegion=c(-5000,5000))
# How many peaks were found close to genes?
length(___)
# Where are peaks located relative to genes?
table(peak_anno$___)