Визуализация различий в связывании белков

График PCA и дендрограмма показывают, что образцы первичных опухолей и опухолей с резистентностью к лечению образуют отдельные кластеры. Это обнадёживает, однако не даёт представления о том, как именно выглядят эти различия. В данном упражнении вы создадите тепловую карту, которая сравнивает интенсивность пиков по образцам. Это поможет выявить закономерности в связывании белков, отличающие группы образцов друг от друга.

Набор пиков, объединённых по всем образцам, доступен в переменной peaks. Чтобы построить тепловую карту на основе этих данных, вам нужно знать общее количество пиков в наборе. Информация об объединённом наборе пиков хранится в элементе merged объекта peaks.

Это упражнение является частью курса

ChIP-seq с Bioconductor в R

Посмотреть курс

Инструкции к упражнению

Выведите объект peaks на экран.
Получите координаты объединённых пиков.
Извлеките количество пиков в данных.
Постройте тепловую карту с помощью функции dba.plotHeatmap.

Интерактивное практическое упражнение

Попробуйте выполнить это упражнение, дополнив этот пример кода.

# Print the `peaks` object
print(___)

# Obtain the coordinates of the merged peaks
merged_peaks <- peaks$___

# Extract the number of peaks present in the data
peak_count <- nrow(___)

# Create a heatmap using the `dba.plotHeatmap()` function
___(peaks, maxSites = ___, correlations = FALSE)

Редактировать и запускать код