Загрузка счётчиков ридов
Как вы видели в видео, перед тестированием дифференциального связывания необходимо сформировать набор консенсусных пиков. Это можно сделать с помощью следующей строки кода на R:
ar_counts <- dba.count(ar_peaks, summits=200)
Рассмотрите приведённые ниже утверждения.
- В
ar_countsдля всех образцов будут рассчитаны счётчики ридов для одного и того же набора пиков. - Некоторые счётчики ридов могут быть равны 0.
- Все пики в
ar_countsимеют ширину 200 п.н. - Все пики в
ar_countsимеют ширину 400 п.н.
Какие из этих утверждений верны?
Это упражнение является частью курса
ChIP-seq с Bioconductor в R
Практическое интерактивное упражнение
Превратите теорию в практику с помощью одного из наших интерактивных упражнений
Начать упражнение