Вулканический график
Вулканические графики отображают связь между различием между группами (выраженным в виде логарифма кратного изменения) и p-значениями теста, сравнивающего интенсивности пиков. Такой график даёт визуальный обзор статистически значимых результатов и величины их эффекта. DiffBind предоставляет функцию dba.plotVolcano() для построения подобных графиков.
Объект ar_diff содержит результаты анализа дифференциального связывания.
Это упражнение является частью курса
ChIP-seq с Bioconductor в R
Инструкции к упражнению
- Постройте вулканический график.
- Изучите полученный график. Где расположены значимые результаты?
Интерактивное практическое упражнение
Попробуйте выполнить это упражнение, дополнив этот пример кода.
# Create a volcano plot
___(ar_diff)