Genele care fac diferența

Identificarea peak-urilor ChIP-seq este utilă, dar nu îți spune prea multe despre ce se întâmplă în interiorul celulei. În acest exercițiu, vei vedea pe scurt cum poți folosi adnotările genomice pentru a interpreta rezultatele ChIP-seq. Două seturi de gene au fost încărcate în sesiunea R. Primul, ar_sets, conține lista tuturor genelor asociate cu peak-uri din tumorile primare și cele rezistente la tratament. Al doilea, db_sets, este un subset al primului și conține doar genele asociate cu peak-uri ce prezintă dovezi de legare diferențială între cele două condiții.

Vei folosi funcția upset() din pachetul UpSetR pentru a vizualiza suprapunerea dintre seturile de gene din eșantioanele de tumori primare și cele rezistente la tratament.

Acest exercițiu face parte din cursul

ChIP-seq cu Bioconductor în R

Vezi cursul

Instrucțiuni pentru exercițiu

Aruncă o privire asupra seturilor complete de gene stocate în obiectul ar_sets.
Vizualizează suprapunerea dintre cele două grupuri folosind funcția upset().
Examinează genele cu legare diferențială.
Vizualizează suprapunerea peak-urilor cu legare diferențială dintre cele două grupuri folosind funcția upset().

Exercițiu interactiv practic

Încearcă acest exercițiu completând acest cod de exemplu.

# Take a look at the full gene sets
print(___)

# Visualise the overlap between the two groups using the `upset` function
upset(fromList(___))

# Print the genes with differential binding
___(db_sets)

# Visualise the overlap of differentially bound peaks between the two groups using the `upset` function
___(fromList(___))

Editează și rulează codul