Grafic MA
Un grafic MA vizualizează diferențele dintre două grupuri în raport cu intensitatea medie a semnalului. Acesta este util pentru a evalua potențialele bias-uri din date. De obicei, majoritatea intensităților peak-urilor nu sunt așteptate să se schimbe între condiții. Aceasta înseamnă că punctele din grafic ar trebui să fie grupate în jurul unei linii orizontale la 0, corespunzătoare absenței modificărilor. Graficele MA sunt utile și pentru a obține o impresie vizuală rapidă despre cât de mari sunt diferențele dintre grupuri.
Ca și funcțiile de vizualizare folosite anterior, DiffBind oferă funcția dba.plotMA() pentru a crea grafice MA, care poate extrage toate informațiile necesare din obiectul DBA.
Acest exercițiu face parte din cursul
ChIP-seq cu Bioconductor în R
Instrucțiuni pentru exercițiu
- Folosește funcția
dba.plotMA()pentru a crea un grafic MA. - Analizează graficul și observă cum sunt evidențiate diferențele semnificative.
Exercițiu interactiv practic
Încearcă acest exercițiu completând acest cod de exemplu.
# Create an MA plot
___(ar_diff)