Calcularea acoperirii
Acum este momentul să extinzi citirile la lungimea medie a fragmentului, pentru a obține o estimare mai bună a acoperirii. Extinderea citirilor îți permite să combini citirile de la ambele capete ale unui fragment într-un singur vârf de acoperire, ceea ce ajută la diferențierea vârfurilor de zgomotul de fond.
Fișierul BAM pentru eșantionul GSM1598218, pe care îl vei folosi în acest exercițiu, a fost deja încărcat. Lungimea medie a fragmentului pentru acest eșantion este de 183 bp. Citirile sunt disponibile ca obiect GRanges numit reads_gr.
Încărcarea tuturor datelor și pachetelor R necesare poate dura câteva momente. Te rugăm să ai răbdare.
Acest exercițiu face parte din cursul
ChIP-seq cu Bioconductor în R
Instrucțiuni pentru exercițiu
- Extinde citirile la lungimea medie a fragmentului.
- Calculează acoperirea fragmentului.
Exercițiu interactiv practic
Încearcă acest exercițiu completând acest cod de exemplu.
# Extend reads to the average fragment length of 183 bp
reads_ext <- ___(reads_gr, width=___)
# Compute coverage
cover <- ___(___)