Configurarea modelului

Înainte de a putea rula comparația efectivă dintre grupuri, trebuie să îi spui lui DiffBind cum sunt împărțite eșantioanele între ele. Cel mai simplu mod de a face acest lucru este să folosești una dintre categoriile predefinite pe care DiffBind le asociază eșantioanelor. Acestea includ grupări frecvent utilizate, cum ar fi condiția sau țesutul asociat fiecărui eșantion. Poți indica categoria dorită prin argumentul categories, folosind constante precum DBA_CONDITION și DBA_TISSUE. Pagina de ajutor a funcției dba.contrast() conține lista completă a constantelor disponibile.

Acest exercițiu face parte din cursul

ChIP-seq cu Bioconductor în R

Vezi cursul

Instrucțiuni pentru exercițiu

Examinează obiectul ar_binding.
Identifică categoria corespunzătoare condiției Tumoare primară (primary) și Rezistentă la tratament (TURP).
Stabilește contrastul pentru a compara cele două tipuri de tumori.
Examinează obiectul dba_peaks pentru a confirma că a fost adăugat contrastul.

Exercițiu interactiv practic

Încearcă acest exercițiu completând acest cod de exemplu.

# Examine the ar_binding object
print(___)

# Identify the category corresponding to the tumor type contrast
contrast <- DBA____

# Establish the contrast to compare the two tumor types
dba_peaks <- dba.___(ar_binding, ___=contrast, minMembers=2)

# Examine the dba_peaks object to confirm that the contrast has been added
___(___)

Editează și rulează codul