O privire mai atentă asupra căilor metabolice
În acest exercițiu, vei construi un URL care trimite către o cale metabolică identificată prin analiza de îmbogățire și evidențiază genele cu peak-uri ChIP-seq. Astfel, poți obține o imagine de ansamblu asupra modului în care genele – sau, mai precis, proteinele pe care le codifică – interacționează între ele și cu alte proteine. Cu puțină experiență, aceasta poate sugera rapid mecanisme potențiale care ar putea explica diferențele dintre grupurile din studiu.
Formatul general al acestor URL-uri este: https://www.kegg.jp/pathway/pathway/<pathway_id>+<gene_id>+...+<gene_id>
Vei construi URL-ul necesar pentru a afișa prima cale metabolică din analiza de îmbogățire, evidențiind genele asociate cu peak-uri. Obiectele top_path și genes create anterior sunt disponibile în spațiul de lucru.
Acest exercițiu face parte din cursul
ChIP-seq cu Bioconductor în R
Instrucțiuni pentru exercițiu
- Adaugă ID-ul căii metabolice la URL.
- Combină ID-urile genelor din calea metabolică asociate cu peak-uri într-un singur șir de caractere, separate prin
'+'. - Adaugă șirul de selecție a genelor la URL.
Exercițiu interactiv practic
Încearcă acest exercițiu completând acest cod de exemplu.
# This is the base URL for all KEGG pathways
base_url <- "https://www.kegg.jp/pathway/"
# Add pathway ID to URL
path_url <- paste0(base_url, ___)
# Collapse gene IDs into selection string
gene_select <- paste(___, collapse="+")
# Add gene IDs to URL
path_url <- paste(___, ___, sep="+")