Utilizarea adnotărilor
În acest exercițiu, vei folosi coordonatele genelor obținute din pachetul TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene. Acest pachet oferă coordonatele tuturor genelor umane cunoscute. Un obiect GRanges cu coordonate și un ID unic pentru genele de pe cromozomul 20 a fost încărcat pentru tine sub numele human_genes.
Deși aceste ID-uri sunt utile pentru identificarea genelor, nu sunt ușor de interpretat. Poate fi util să adaugi și simbolurile genice, care sunt mai ușor de înțeles. Acest lucru se poate realiza cu ajutorul pachetului org.Hs.eg.db, care oferă corespondențe între diferite seturi de identificatori genici. Funcția select() îți permite să obții simbolul unei gene, stocat în coloana SYMBOL, pentru fiecare ID. După ce ai extras aceste informații, le poți adăuga în tabelul cu locațiile genelor.
Acest exercițiu face parte din cursul
ChIP-seq cu Bioconductor în R
Instrucțiuni pentru exercițiu
- Obține simbolurile genelor din coloana
SYMBOLa pachetului org.Hs.eg.db. - Examinează structura adnotărilor returnate.
- Adaugă simbolurile genelor la
human_genes. - Examinează rezultatul.
Exercițiu interactiv practic
Încearcă acest exercițiu completând acest cod de exemplu.
# Obtain gene symbols
gene_symbol <- ___(org.Hs.eg.db, keys=human_genes$gene_id, columns="SYMBOL", keytype="ENTREZID")
# Examine the structure of the returned annotations
str(___)
# Add gene symbols to gene coordinates
human_genes$symbol <- ___
# Examine output
print(human_genes)