Vârfuri vs. fundal
Acum este momentul să compari distribuția acoperirii pentru vârfuri, regiuni incluse pe lista neagră și fundal. În acest exercițiu, vei analiza date de pe cromozomul 5.
Numărătorile de lecturi grupate pe intervale pentru vârfuri, regiuni incluse pe lista neagră și fundal pentru acest cromozom sunt disponibile ca peak_bins, bl_bins și
bkg_bins, respectiv. Coloana score conține numărul de lecturi.
Poate dura câteva momente până se încarcă toate datele și pachetele R necesare pentru acest exercițiu. Te rugăm să ai răbdare.
Acest exercițiu face parte din cursul
ChIP-seq cu Bioconductor în R
Instrucțiuni pentru exercițiu
- Pregătește numărul de lecturi pentru vizualizare, organizându-le în cadre de date.
- Combină cele trei cadre de date folosind
rbind(). - Creează un boxplot al numărului de lecturi în funcție de tipul intervalului.
Exercițiu interactiv practic
Încearcă acest exercițiu completând acest cod de exemplu.
# Prepare read counts for plotting by organising them in data frames
peak_scores <- data.frame(source="peaks", fragments=___$score)
bl_scores <- data.frame(source="blacklist", fragments=___)
bkg_scores <- data.frame(source="background", fragments=___)
scores <- rbind(___, ___, ___)
# Create a boxplot of the read counts by bin type
ggplot(___, aes(y=fragments, x=source)) + geom_boxplot()