Gruparea eșantioanelor
O altă modalitate de a analiza similaritățile dintre eșantioane este gruparea ierarhică. Acest proces presupune două etape. Mai întâi, trebuie să calculezi distanța dintre eșantioane pe baza acoperirii (normalizate) a vârfurilor, folosind funcția dist(). Apoi poți utiliza aceste distanțe pereche pentru a grupa eșantioanele similare împreună cu hclust(). Rezultatul va fi o dendrogramă care surprinde relația ierarhică dintre eșantioane.
O matrice cu date de acoperire normalizate corespunzător este disponibilă ca obiect R cover.
Acest exercițiu face parte din cursul
ChIP-seq cu Bioconductor în R
Instrucțiuni pentru exercițiu
- Calculează distanțele pereche dintre eșantioane folosind
dist(). - Folosește
hclust()pentru a crea o dendrogramă din matricea de distanțe. - Reprezintă grafic dendrograma.
Exercițiu interactiv practic
Încearcă acest exercițiu completând acest cod de exemplu.
# Compute the pairwise distances between samples using `dist`
cover_dist <- ___(t(cover))
# Use `hclust()` to create a dendrogram from the distance matrix
cover_dendro <- ___(cover_dist)
# Plot the dendrogram
plot(___)