Ajustarea modelului
Acum ești pregătit să efectuezi analiza de legare diferențială. Aceasta îți va arăta care dintre vârfuri diferă semnificativ ca intensitate între cele două tipuri de tumori. Identificarea vârfurilor care diferă între grupuri va constitui baza unor analize ulterioare, ce urmăresc să determine mecanismele care stau la baza acestor diferențe. Deocamdată, să ne concentrăm pe identificarea vârfurilor cu legare diferențială. Funcția dba.analyze() din DiffBind îți permite să faci acest lucru. În exercițiul anterior, ai stabilit contrastul pentru comparația dintre tipurile de tumori. Folosind obiectul cu contrastul definit, poți apela pur și simplu dba.analyze() pentru a finaliza analiza.
Acest exercițiu face parte din cursul
ChIP-seq cu Bioconductor în R
Instrucțiuni pentru exercițiu
- Examinează obiectul
ar_bindingpentru a confirma că acesta conține contrastul necesar. - Rulează analiza de legare diferențială.
- Examinează rezultatul.
Exercițiu interactiv practic
Încearcă acest exercițiu completând acest cod de exemplu.
# Examine the `ar_binding` object to confirm that it contains the required contrast
print(___)
# Run the differential binding analysis
ar_diff <- ___(ar_binding)
# Examine the result
print(___)