Apeluri de peak-uri

Citirile sunt distribuite pe întreg genomul, însă locațiile la care proteina de interes se leagă vor atrage multe citiri suprapuse, generând peak-uri în acoperire. Aceste peak-uri sunt înregistrate de obicei cu coordonatele lor genomice, împreună cu un scor care indică intensitatea semnalului observat pentru peak-ul respectiv.

În R a fost încărcat un set de apeluri de peak-uri. Acestea sunt stocate într-un obiect GenomicRanges numit peaks. Pe lângă funcțiile obișnuite pentru accesarea conținutului obiectelor GenomicRanges, există două funcții utilitare disponibile pentru apelurile de peak-uri. Poți folosi funcția chrom pentru a obține cromozomul pe care se află un peak și funcția score pentru a obține scorul acestuia.

Acest exercițiu face parte din cursul

ChIP-seq cu Bioconductor în R

Vezi cursul

Instrucțiuni pentru exercițiu

Afișează un rezumat al obiectului peaks.
Folosește funcția score() pentru a găsi indexul peak-ului cu cel mai mare scor.
Extrage coordonatele genomice ale peak-ului cu cel mai mare scor folosind funcțiile chrom() și ranges().

Exercițiu interactiv practic

Încearcă acest exercițiu completând acest cod de exemplu.

# Print a summary of the 'peaks' object
print(___)

# Use the score function to find the index of the highest scoring peak
max_idx <- which.max(___(peaks))

# Extract the genomic coordinates of the highest scoring peak using the `chrom` and `ranges` functions
max_peak_chrom <- ___(peaks)[___]
max_peak_range <- ___

Editează și rulează codul