ÎncepețiÎncepe gratuit

Care vârfuri sunt diferite?

Să vedem cât de diferite sunt eșantioanele în ceea ce privește identificarea vârfurilor. Privind vârfurile îmbinate cu care ai lucrat anterior, câte vârfuri sunt comune între diferite eșantioane?

Un grafic care poate răspunde la această întrebare este diagrama Venn. Aceasta poate fi creată direct din obiectul DBA folosind funcția dba.plotVenn(). O alternativă este graficul UpSet, pe care îl poți crea cu pachetul UpSetR. Acesta înlocuiește elipsele unei diagrame Venn cu o serie de diagrame cu bare, indicând dimensiunea diferitelor subseturi. Funcția upset() necesită un cadru de date cu câte o coloană pentru fiecare set, adică pentru fiecare eșantion, indicând apartenența fiecărui vârf la acel set. Datele necesare se găsesc în câmpul called al obiectului ar_diff.

Acest exercițiu face parte din cursul

ChIP-seq cu Bioconductor în R

Vezi cursul

Exercițiu interactiv practic

Încearcă acest exercițiu completând acest cod de exemplu.

# Create Venn diagram
___(ar_diff, mask=1:4)
Editează și rulează codul