Reprezentarea grafică detaliată a unei regiuni
Acum e rândul tău să reprezinți grafic o regiune genomică cu Gviz. Toate datele din acest exercițiu provin de pe cromozomul 20 al unui singur eșantion. O ideogramă a cromozomului 20 a fost creată pentru tine și este disponibilă ca ideogram. Reads-urile mapate au fost deja convertite în date de acoperire, disponibile sub forma unui obiect GRanges numit cover_ranges. Peak calls din regiunea pe care o vei reprezenta sunt stocate în obiectul peak_calls.
Încărcarea tuturor datelor și pachetelor R necesare poate dura câteva momente. Te rugăm să ai răbdare.
Acest exercițiu face parte din cursul
ChIP-seq cu Bioconductor în R
Instrucțiuni pentru exercițiu
- Creează annotation tracks pentru peak calls.
- Creează un data track pentru acoperirea read-urilor.
- Afișează graficul, prezentând de sus în jos: o ideogramă, track-ul de acoperire, track-ul peak calls și o axă cu poziția genomică.
Exercițiu interactiv practic
Încearcă acest exercițiu completând acest cod de exemplu.
# Create annotation track
peak_track <- AnnotationTrack(___, name="Peaks")
# Create data track
cover_track <- ___(cover_ranges, window=10500, type="polygon", name="Coverage",
fill.mountain=c("lighgrey", "lightgrey"), col.mountain="grey")
# Produce plot
___(list(ideogram, ___, ___, GenomeAxisTrack()), chromosome="chr20", from=start_pos, to=end_pos)