ÎncepețiÎncepe gratuit

Citirea fișierelor BED

În acest exercițiu, vei încărca peak call-uri dintr-un fișier BED și vei folosi informațiile despre localizarea peak-urilor pentru a extrage read-urile care se suprapun cu acestea dintr-un fișier BAM.

Acest exercițiu face parte din cursul

ChIP-seq cu Bioconductor în R

Vezi cursul

Instrucțiuni pentru exercițiu

  • Folosește funcția import.bed pentru a încărca peak call-urile din chr20_peaks.
  • Folosește aceste peak call-uri pentru a crea un obiect BamViews pentru chr20_bam.
  • Încarcă read-urile care se suprapun cu peak call-urile.

Exercițiu interactiv practic

Încearcă acest exercițiu completând acest cod de exemplu.

# Load peak calls from chr20_peaks
peaks <- ___(chr20_peaks)

# Create a BamViews object
bam_views <- ___(___, bamRanges=peaks)

# Load the reads
reads <- ___(___)
Editează și rulează codul