Introducere în experimentele ChIP-seq. De ce sunt interesante? Ce fenomene pot fi studiate prin ChIP-seq și ce putem învăța din aceste experimente.

Ce este ChIP-seq?

Recapitulare ChIP-seq

Date de secvențiere

Apeluri de peak-uri

Fluxul de lucru ChIP-seq

Hartă termică

Genele care fac diferența

Rezumatul rezultatelor ChIP-seq

Înțelegerea datelor ChIP-seq

Introducere în ChIP-seq

Aici începe propriu-zis analiza ChIP-seq. Acest capitol prezintă instrumentele Bioconductor pentru importul și curățarea datelor.

Importul datelor

Citirea fișierelor BAM

Citirea fișierelor BED

O privire mai atentă asupra peak-urilor

Reprezentarea grafică detaliată a unei regiuni

Adăugarea adnotărilor

Curățarea datelor ChIP-seq

Eliminarea regiunilor din lista neagră

Filtrarea citirilor

Compară datele filtrate cu citirile brute

Evaluarea îmbogățirii

Calcularea acoperirii

Vârfuri vs. fundal

Înapoi la Baze – Pregătirea datelor ChIP-seq

Acest capitol introduce tehnici pentru identificarea și vizualizarea diferențelor dintre eșantioanele ChIP-seq.

Introducere în binding diferențial

Aceste eșantioane îți par identice?

Gruparea eșantioanelor

Vizualizarea diferențelor în legarea proteinelor

Testarea legării diferențiale

Încărcarea numărului de read-uri

Configurarea modelului

Ajustarea modelului

Revenire la PCA și harta termică

O privire mai atentă asupra legării diferențiale

Grafic MA

Grafic vulcan

Rezumarea diferențelor în legarea proteinelor

Compararea eșantioanelor ChIP-seq

Capacitatea de a identifica legarea diferențială între grupuri de eșantioane este valoroasă, dar ce înseamnă în practică? Acest capitol discută strategii pentru interpretarea rezultatelor de legare diferențială, mergând de la identificarea vârfurilor până la obținerea unor concluzii biologice semnificative.

Interpretarea peak-urilor ChIP-seq

Consolidarea peak-urilor

Utilizarea adnotărilor

Adnotarea peak-urilor

Care vârfuri sunt diferite?

Interpretarea listelor de gene

Asocierea peak-urilor cu gene

Identificarea temelor comune

Înțelegerea impactului asupra căilor metabolice

O privire mai atentă asupra căilor metabolice

Analize avansate de ChIP-seq

De la Vârfuri la Gene și Funcție

Chromosome 20 dataset

Androgen Receptor ChIP-seq Peaks dataset

Analiza ChIP-seq este o ramură importantă a bioinformaticii. Ea oferă o fereastră către mecanismele care fac celulele din corpul nostru să funcționeze. Fie că este vorba despre o celulă cerebrală care te ajută să citești această pagină sau despre o celulă imunitară care patrulează corpul în căutarea microorganismelor dăunătoare, toate poartă același genom. Ceea ce le diferențiază sunt genele active la un moment dat. Genele active sunt determinate de un sistem complex de proteine care pot activa și dezactiva gene. Când acest mecanism de reglare scapă de sub control, poate duce la cancer și alte boli grave. Analiza ChIP-seq ne permite să înțelegem funcția proteinelor de reglare, modul în care acestea pot contribui la apariția bolilor și ne oferă perspective asupra posibilelor intervenții pentru a preveni pierderea controlului celular. În acest curs, vei explora un set de date real, învățând cum să procesezi și să analizezi date ChIP-seq în R.

Intermediate R

Introduction to Bioconductor in R

Învață să analizezi și să interpretezi date ChIP-seq cu Bioconductor folosind un set de date cancer uman.

ChIP-seq cu Bioconductor în R

Învață să analizezi și să interpretezi date ChIP-seq cu ajutorul Bioconductor, folosind un set de date despre cancerul uman.

Analiza datelor genomice în R

Încărcarea numărului de read-uri

ChIP-seq cu Bioconductor în R

Exercițiu interactiv practic