Identificarea temelor comune
Pachetul chipenrich pune la dispoziție funcția chipenrich() pentru a identifica grupuri de gene asociate mai frecvent cu peak-urile ChIP-seq decât ar fi de așteptat întâmplător. În acest scop, este important să stabilești cum vor fi grupate genele. În acest exercițiu, vei analiza seturile de gene Hallmark, definite la Broad Institute.
De obicei, ai dori să restrângi analiza la peak-urile cu legare diferențială, pentru a evidenția procesele moleculare care diferențiază cele două grupuri de eșantioane. Dat fiind că setul de date cu care lucrezi are un număr mic de eșantioane, vei analiza pur și simplu peak-urile cu un semnal mai puternic în eșantioanele de tumori rezistente la tratament.
Acest exercițiu face parte din cursul
ChIP-seq cu Bioconductor în R
Instrucțiuni pentru exercițiu
- Selectează toate peak-urile cu o intensitate mai mare în eșantioanele rezistente la tratament față de eșantioanele de tumori primare.
- Rulează analiza de îmbogățire.
- Afișează rezultatele analizei.
Exercițiu interactiv practic
Încearcă acest exercițiu completând acest cod de exemplu.
# Select all peaks with higher intensity in treatment resistant samples
turp_peaks <- peaks_binding[, "GSM1598218"] + peaks_binding[, "GSM1598219"] < ___[, "GSM1598223"] + ___[, "GSM1598225"]
# Run enrichment analysis
enrich_turp <- ___(peaks_comb[turp_peaks, ], genome="hg19",
genesets = "hallmark", out_name = NULL,
locusdef = "nearest_tss", qc_plots=FALSE)
# Print the results of the analysis
___(enrich_turp$results)