Revenire la PCA și harta termică
Acum că ai identificat principalele diferențe dintre eșantioane, poți crea un nou set de grafice pentru a le compara. Acestea sunt foarte asemănătoare cu cele pe care le-ai analizat anterior, însă de data aceasta vei folosi doar peak-urile cu legare diferențială. Astfel se reduce zgomotul din grafic și diferențele sunt mai bine evidențiate. Funcțiile de reprezentare grafică din DiffBind au un argument contrast, care îți permite să specifici ce comparație să fie utilizată pentru selectarea peak-urilor. În acest exercițiu, vei compara graficele originale cu versiunile lor optimizate.
Acest exercițiu face parte din cursul
ChIP-seq cu Bioconductor în R
Exercițiu interactiv practic
Încearcă acest exercițiu completând acest cod de exemplu.
# Create a PCA plot using all peaks
___(ar_diff, DBA_CONDITION)