Consolidarea peak-urilor
Înainte de a explora cum să adnotezi apelurile de peak-uri, poate fi util să vezi cum poți obține un set de peak-uri fuzionate care incorporează apeluri din toate eșantioanele. Pachetul ChIPpeakAnno oferă funcția findOverlapsOfPeaks() în acest scop. Aceasta permite fuzionarea seturilor de peak-uri, reprezentate ca GenomicRanges, din până la cinci eșantioane.
Înainte de a putea folosi această funcție, va trebui să extragi informațiile despre apelurile de peak-uri din obiectul ChIPQCexperiment creat anterior. Poți prelua locațiile peak-urilor prin funcția peaks(). Reține că aceasta va returna apelurile de peak-uri pentru toate eșantioanele, inclusiv cele care nu au trecut etapa de QC. Un vector cu indicii eșantioanelor selectate pentru analiză ulterioară în etapa de QC este disponibil sub numele qc_pass.
Acest exercițiu face parte din cursul
ChIP-seq cu Bioconductor în R
Instrucțiuni pentru exercițiu
- Extrage peak-urile din obiectul ChIPQCexperiment.
- Elimină toate eșantioanele care nu au trecut QC-ul.
- Identifică suprapunerile dintre seturile de peak-uri folosind funcția
findOverlapsOfPeaks(). - Examinează setul de peak-uri fuzionate disponibil la intrarea
mergedPeaks.
Exercițiu interactiv practic
Încearcă acest exercițiu completând acest cod de exemplu.
# Extract peaks from ChIPQCexperiment object
peak_calls <- ___(ar_calls)
# Only keep samples that passed QC
peak_passed <- ___[qc_pass]
# Find overlaps between peak sets
peaks_combined <- ___(peak_passed[[1]], peak_passed[[2]], peak_passed[[3]], peak_passed[[4]], maxgap=50)
# Examine merged peak set
print(___)