Înțelegerea impactului asupra căilor metabolice
Căile metabolice reprezintă o altă modalitate utilă de a grupa genele. În acest exercițiu, vei examina rezultatele unei analize de îmbogățire a căilor metabolice, care studiază peak-urile mai pronunțate în eșantioanele de tumoare primară. Obiectul enrich_primary conține aceste rezultate. Este o listă cu patru intrări. Principalul tău interes în această etapă este results, un data frame cu rezultatele îmbogățirii, ordonat după semnificație. Acesta include ID-ul și numele seturilor de gene, precum și genele asociate peak-urilor care fac parte din setul respectiv. Genele sunt raportate ca ID-uri Entrez. Poți folosi baza de date furnizată de pachetul org.Hs.eg.db pentru a converti între ID-urile Entrez și simbolurile genelor. Funcția select() oferă o interfață convenabilă pentru a selecta intrări din coloana SYMBOL folosind tipul de cheie ENTREZID.
Acest exercițiu face parte din cursul
ChIP-seq cu Bioconductor în R
Instrucțiuni pentru exercițiu
- Examinează cele mai importante seturi de gene.
- Extrage ID-urile genelor pentru setul cu cel mai înalt rang.
- Împarte ID-urile genelor într-un vector.
- Convertește ID-urile genelor în simboluri ale genelor.
Exercițiu interactiv practic
Încearcă acest exercițiu completând acest cod de exemplu.
# Examine the top gene sets
head(___$results)
# Extract the gene IDs for the top ranking set
genes <- ___$___$Geneset.Peak.Genes[1]
# Split gene IDs into a vector
gene_ids <- strsplit(___, ', ')[[1]]
# Convert gene IDs to gene symbols
gene_symbol <- select(org.Hs.eg.db, keys=___, columns="___", keytype="___")
# Print the result
___(gene_symbol)