Rezumarea diferențelor în legarea proteinelor
Ultimul grafic al peak-urilor cu legare diferențială pe care îl vei analiza în această lecție este un box plot. Acest tip de grafic este util pentru a rezuma distribuția intensităților peak-urilor în fiecare eșantion. DiffBind oferă funcția dba.plotBox() în acest scop. Box plot-urile evidențiază poziția medianei în diferite grupuri, precum și răspândirea datelor în jurul acesteia. Graficul generat de DiffBind compară cele două grupuri (tumora primară și tumora rezistentă la tratament), precum și subgrupurile formate din peak-urile cu legare diferențială. Pe lângă graficul propriu-zis, dba.plotBox() returnează și valorile p pentru comparațiile pereche dintre aceste grupuri.
Ca și până acum, rezultatele analizei de legare diferențială sunt disponibile sub forma ar_diff.
Acest exercițiu face parte din cursul
ChIP-seq cu Bioconductor în R
Instrucțiuni pentru exercițiu
- Creează un box plot al intensităților peak-urilor.
- Inspectează valorile p returnate. Care seturi de peak-uri sunt semnificativ diferite între ele?
Exercițiu interactiv practic
Încearcă acest exercițiu completând acest cod de exemplu.
# Create a box plot of the peak intensities
compare_groups <- ___(ar_diff, notch=FALSE)
# Inspect the returned p-values
print(___)