Filtrarea citirilor

În acest exercițiu, vei continua să cureți datele eliminând citirile cu alinieri de calitate scăzută. Pentru a face acest lucru, trebuie să încarci calitățile alinierii din fișierul BAM. Acestea sunt stocate în câmpul mapq.

Acest exercițiu face parte din cursul

ChIP-seq cu Bioconductor în R

Vezi cursul

Instrucțiuni pentru exercițiu

Încarcă reads cu informații despre calitățile alinierii atașate fiecărei citiri.
Identifică toate alinierile cu o calitate de cel puțin 20.
Creează un boxplot care să compare distribuțiile calității alinierii între grupul de calitate ridicată și cel de calitate scăzută.
Elimină toate alinierile de calitate scăzută.

Exercițiu interactiv practic

Încearcă acest exercițiu completând acest cod de exemplu.

# Load reads with mapping qualities by requesting the "mapq" entries
reads <- readGAlignments(bam_file, param=ScanBamParam(what=___))

# Identify good quality alignments
high_mapq <- mcols(reads)$mapq >= ___

# Examine mapping quality distribution for high and low quality alignments
___(mcols(reads)$mapq ~ high_mapq, xlab="good quality alignments", ylab="mapping quality")

# Remove low quality alignments
reads_good <- subset(reads, ___)

Editează și rulează codul