Vizualizarea diferențelor în legarea proteinelor
Atât graficul PCA, cât și dendrograma indică faptul că mostrele provenite din tumorile primare și cele din tumorile rezistente la tratament formează câte un cluster distinct. Acest lucru este încurajator, dar îți spune foarte puțin despre cum arată aceste diferențe. În acest exercițiu, vei crea o hartă termică (heatmap) care compară intensitatea peak-urilor între mostre. Aceasta poate ajuta la evidențierea tiparelor de legare a proteinelor care diferențiază grupurile de mostre.
Setul de peak-uri, consolidat între mostre, este disponibil ca peaks. Pentru a crea o hartă termică din acesta, va trebui să știi
câte peak-uri există în setul de date. Detaliile despre setul de peak-uri îmbinate sunt disponibile în intrarea merged din peaks.
Acest exercițiu face parte din cursul
ChIP-seq cu Bioconductor în R
Instrucțiuni pentru exercițiu
- Afișează obiectul
peaks. - Obține coordonatele peak-urilor îmbinate (merged).
- Extrage numărul de peak-uri prezente în date.
- Creează o hartă termică folosind funcția
dba.plotHeatmap.
Exercițiu interactiv practic
Încearcă acest exercițiu completând acest cod de exemplu.
# Print the `peaks` object
print(___)
# Obtain the coordinates of the merged peaks
merged_peaks <- peaks$___
# Extract the number of peaks present in the data
peak_count <- nrow(___)
# Create a heatmap using the `dba.plotHeatmap()` function
___(peaks, maxSites = ___, correlations = FALSE)