Citirea fișierelor BAM

Pentru început, vei citi read-urile mapate dintr-un fișier BAM în R. Aceste fișiere stochează informații despre alinierea secvențelor de read-uri față de genomul de referință, într-un format binar comprimat. Încărcarea datelor din fișiere BAM este o operațiune frecventă în analiza datelor genomice.

În acest exercițiu, vei încărca mai întâi toate read-urile dintr-un fișier BAM. Această operațiune este simplă, însă poate necesita multă memorie. De aceea, în a doua parte, vei învăța cum să încarci doar read-urile dintr-o regiune de interes.

Acest exercițiu face parte din cursul

ChIP-seq cu Bioconductor în R

Vezi cursul

Instrucțiuni pentru exercițiu

Încarcă read-urile din fișierul chr20_bam folosind funcția readGAlignments().
Creează un obiect BamViews pentru chr20_bam care acoperă regiunea 29.805.000 – 29.820.000 de pe cromozomul 20.
Folosește din nou readGAlignments() pentru a încărca doar read-urile din acea vizualizare.
Inspectează obiectul reads_sub cu ajutorul funcției str().

Exercițiu interactiv practic

Încearcă acest exercițiu completând acest cod de exemplu.

# Load reads form chr20_bam file
reads <- ___(chr20_bam)

# Create a `BamViews` object for the range 29805000 - 29820000 on chromosome 20
bam_views <- ___(___, bamRanges=GRanges("chr20", IRanges(start=29805000, end=29820000)))

# Load only the reads in that view
reads_sub <- ___(___)

# Inspect the `reads_sub` object
___(reads_sub)

Editează și rulează codul