Adnotarea peak-urilor
În exercițiile anterioare, ai creat un tabel cu peak-urile îmbinate din toate eșantioanele (disponibil aici ca peaks_merged) și un tabel cu adnotări genice (disponibil ca human_genes). Acum este momentul să combini informațiile din ambele tabele folosind funcția annoPeaks() din pachetul ChIPpeakAnno. Pentru fiecare peak suficient de apropiat de site-ul de start al unui gen (determinat de argumentul bindingRegion), această funcție returnează informații detaliate despre genele respective sub forma unui data frame. Printre acestea se numără și coloana insideFeature, care indică localizarea peak-ului față de genă.
Acest exercițiu face parte din cursul
ChIP-seq cu Bioconductor în R
Instrucțiuni pentru exercițiu
- Adnotează peak-urile cu gena cea mai apropiată.
- Determină numărul de peak-uri care au fost adnotate cu gene.
- Creează un tabel rezumativ care să indice unde sunt localizate peak-urile față de gene.
Exercițiu interactiv practic
Încearcă acest exercițiu completând acest cod de exemplu.
# Annotate peaks with closest gene
peak_anno <- ___(peaks_merged, human_genes, bindingType="startSite", bindingRegion=c(-5000,5000))
# How many peaks were found close to genes?
length(___)
# Where are peaks located relative to genes?
table(peak_anno$___)