Asocierea peak-urilor cu gene

Ești aproape gata să explorezi în detaliu relația dintre peak-uri, gene și funcția lor biologică. Dar mai întâi, să aruncăm o privire mai atentă asupra modului în care locațiile peak-urilor se raportează la gene. Pachetul chipenrich oferă funcții utile de vizualizare în acest scop. Obiectul peaks conține coordonatele peak-urilor utilizate anterior. Funcția plot_dist_to_tss() poate genera un grafic al distribuției distanțelor dintre locațiile peak-urilor și situsul de inițiere a transcripției (TSS) al genelor.

Funcția plot_chipenrich_spline() îți permite să evaluezi frecvența peak-urilor în raport cu lungimea genelor. Pe lângă frecvențele observate, aceasta trasează și distribuția așteptată pentru testul exact al lui Fisher, un model binomial și modelul utilizat de funcția chipenrich().