Eliminarea regiunilor din lista neagră
Identificarea și eliminarea peakurilor din regiunile aflate pe lista neagră este un pas important în pregătirea datelor pentru analizele ulterioare. În acest exercițiu, folosim lista neagră inclusă în pachetul ChIPQC. Aceasta este disponibilă și direct de pe ENCODE.
Pentru acest exercițiu, apelurile de peak sunt disponibile în peaks, datele de acoperire se află în cover, iar regiunile din lista neagră sunt stocate în blacklist.hg19. Funcția findOverlaps() îți va fi utilă. Ai întâlnit conceptul de regiuni suprapuse în cursul introductiv de Bioconductor și îl vom revedea mai târziu în acest capitol.
Încărcarea tuturor datelor și pachetelor R necesare poate dura câteva momente. Te rugăm să ai răbdare.
Acest exercițiu face parte din cursul
ChIP-seq cu Bioconductor în R
Instrucțiuni pentru exercițiu
- Găsește toate suprapunerile dintre peakuri și regiunile din lista neagră.
- Vizualizează acoperirea reads-urilor, apelurile de peak și regiunile din lista neagră folosind Gviz.
- Elimină toate peakurile din lista neagră.
Exercițiu interactiv practic
Încearcă acest exercițiu completând acest cod de exemplu.
# Find all overlaps between peaks and blacklisted regions
blacklisted <- ___(peaks, blacklist.hg19, type="within")
# Create a plot to display read coverage together with peak calls and blacklisted regions in the selected region
cover_track <- ___(cover, window=10500, type="polygon", name="Coverage",
fill.mountain=c("lighgrey", "lightgrey"), col.mountain="grey")
# Calculate peak_track and region_track, plot plotTracks
peak_track <- ___(peaks, name="Peaks", fill="orange")
region_track <- ___(region, name="Blacklist")
plotTracks(list(ideogram, cover_track, peak_track, region_track, GenomeAxisTrack()),
chromosome="chr21", from=start(region)-1000, to=end(region)+1000)
# Remove all blacklisted peaks
clean_peaks <- ___[-from(blacklisted)]