Histogram van p-waarden

Een goede diagnostische plot is het histogram van p-waarden. Een hoge dichtheid van lage p-waarden duidt op veel differentieel tot expressie komende genen; een uniform verdeeld histogram geeft aan dat het er weinig zijn. Maak een p-waarden-histogram voor de leukemiestudie.

Deze oefening maakt deel uit van de cursus

Differentiële-expressieanalyse met limma in R

Cursus bekijken

Oefeninstructies

Het gefitte modelobject van de leukemiestudie uit Hoofdstuk 2, fit2, is geladen in je werkruimte. Het limma-pakket is al geladen.

Gebruik topTable om de samenvattende statistieken voor elk gen op te halen.
Stel, om resultaten voor elk gen te krijgen, het argument number in op het aantal rijen van fit2.
Stel, om het sorteren van de resultaten op significantieniveau uit te schakelen, het argument sort.by in op "none".
Gebruik hist om een histogram van p-waarden te maken.

Praktische interactieve oefening

Probeer deze oefening eens door deze voorbeeldcode in te vullen.

# Obtain the summary statistics for every gene
stats <- ___(fit2, number = ___, sort.by = ___)

# Plot a histogram of the p-values
___(stats[, ___])

Code bewerken en uitvoeren