Designmatrix voor 3 groepen
In het hypoxie-experiment werden stamcellen blootgesteld aan 3 verschillende zuurstofniveaus: 1%, 5% en 21%. Gebruik de group-means-parametrisatie om een lineair model te specificeren met een coëfficiënt voor elk zuurstofniveau, zodat je de cellulaire functie in deze 3 verschillende omgevingen kunt vergelijken.
Deze oefening maakt deel uit van de cursus
Differentiële-expressieanalyse met limma in R
Oefeninstructies
Het ExpressionSet-object eset met de hypoxiegegevens is geladen in je werkruimte.
- Gebruik
model.matrixom een designmatrix zonder intercept te maken. Onthoud dat de variabele van belang voor deze studie (3 zuurstofniveaus) in de kolomoxygenvan het fenotype-dataframe staat.
Praktische interactieve oefening
Probeer deze oefening eens door deze voorbeeldcode in te vullen.
# Create design matrix with no intercept
design <- ___(~___ + ___, data = ___(eset))
# Count the number of samples modeled by each coefficient
colSums(design)