Volcanoplot

Nu ga je de mate van differentiële expressie voor elke contrastvisualiseren met een volcanoplot, die de log odds van differentiële expressie op de y-as toont tegenover de log fold change op de x-as.

Deze oefening maakt deel uit van de cursus

Differentiële-expressieanalyse met limma in R

Bekijk cursus

Oefeninstructies

Het gefitte modelobject fit2 is geladen in je werkruimte. Het limma-pakket is al geladen.

Haal de gensymbolen (symbol) op uit de data frame fit2$genes.
Maak een volcanoplot die de top 5 genen voor elk van de 3 contrasten markeert.

Interactieve oefening met praktijkervaring

Probeer deze oefening door deze voorbeeldcode aan te vullen.

# Extract the gene symbols
gene_symbols <- fit2$genes[___]

# Create a volcano plot for the contrast dox_wt
___(fit2, coef = ___, highlight = 5, names = gene_symbols)

# Create a volcano plot for the contrast dox_top2b
___(fit2, coef = ___, highlight = ___, names = gene_symbols)

# Create a volcano plot for the contrast interaction
___(fit2, coef = ___, highlight = ___, names = ___)

Code bewerken en uitvoeren