Designmatrix voor 2x2-factorieel

In dit 2x2-factorieel experiment naar het effect van droogte op boomgroei zijn 2 verschillende typen populier gekweekt met 2 verschillende hoeveelheden water. Om één modelcoëfficiënt per groep te krijgen, moet je eerst de twee variabelen combineren.

Deze oefening maakt deel uit van de cursus

Differentiële-expressieanalyse met limma in R

Bekijk cursus

Oefeninstructies

Het ExpressionSet-object eset met de Populus-gegevens is geladen in je werkruimte.

Combineer de variabelen type (het boomhouttype) en water (normaal vs. droogte) tot één factorvariabele.
Gebruik model.matrix om een designmatrix te maken zonder intercept.

Interactieve oefening met praktijkervaring

Probeer deze oefening door deze voorbeeldcode aan te vullen.

# Create single variable
group <- with(___(eset), paste(___, ___, sep = "."))
group <- factor(group)

# Create design matrix with no intercept
design <- model.matrix(~___ + ___)
colnames(design) <- levels(group)

# Count the number of samples modeled by each coefficient
colSums(design)

Code bewerken en uitvoeren