Test op differentiële expressie tussen 2 groepen
Nu je een ExpressionSet-object en een designmatrix hebt, kun je je model fitten en testen met limma.
Deze oefening maakt deel uit van de cursus
Differentiële-expressieanalyse met limma in R
Oefeninstructies
Het ExpressionSet-object eset met de leukemiedata en de zojuist aangemaakte designmatrix (design) zijn geladen in je werkruimte.
Fit de modelcoëfficiënten met
lmFit.Bereken de t-statistieken met
eBayes.Vat de resultaten samen met
decideTests.Omdat het geen zin heeft om de intercept-term te testen, geef de coëfficiënt
"Diseasestable"op wanneer jedecideTestsuitvoert.
Praktische interactieve oefening
Probeer deze oefening eens door deze voorbeeldcode in te vullen.
# Load package
library(limma)
# Fit the model
fit <- ___(eset, ___)
# Calculate the t-statistics
fit <- ___(fit)
# Summarize results
results <- ___(fit[, "___"])
summary(results)