Test op differentiële expressie tussen 2 groepen

Nu je een ExpressionSet-object en een designmatrix hebt, kun je je model fitten en testen met limma.

Deze oefening maakt deel uit van de cursus

Differentiële-expressieanalyse met limma in R

Oefeninstructies

Het ExpressionSet-object eset met de leukemiedata en de zojuist aangemaakte designmatrix (design) zijn geladen in je werkruimte.

Fit de modelcoëfficiënten met lmFit.
Bereken de t-statistieken met eBayes.
Vat de resultaten samen met decideTests.
Omdat het geen zin heeft om de intercept-term te testen, geef de coëfficiënt "Diseasestable" op wanneer je decideTests uitvoert.

Interactieve oefening met praktijkervaring

Probeer deze oefening door deze voorbeeldcode aan te vullen.

# Load package
library(limma)

# Fit the model
fit <- ___(eset, ___)

# Calculate the t-statistics
fit <- ___(fit)

# Summarize results
results <- ___(fit[, "___"])
summary(results)

Code bewerken en uitvoeren