Boxplot van Top2b

Dan een sanity check: maak een boxplot van het expressieniveau van Top2b om te bevestigen dat de null-muizen lagere Top2b-expressie hebben.

Weet je nog dat je een vergelijkbare boxplot maakte in Hoofdstuk 1, Oefening 4?

Deze oefening maakt deel uit van de cursus

Differentiële-expressieanalyse met limma in R

Cursus bekijken

Oefeninstructies

Het ExpressionSet-object eset met de doxorubicinegegevens is in je werkruimte geladen.

Zoek de rij met de Top2b-gegevens door in de feature-datakolom "symbol" te zoeken naar "Top2b".
Maak een boxplot met de formulastructuur. Het expressieniveau staat links van de ~ en de genotypevariabele rechts.
Geef de rij uit het feature-dataframe door aan main om de plot een titel te geven.

Praktische interactieve oefening

Probeer deze oefening eens door deze voorbeeldcode in te vullen.

# Find the row which contains Top2b expression data
top2b <- which(___(eset)[___] == "Top2b")

# Plot Top2b expression versus genotype
boxplot(___(eset)[top2b, ] ~ ___(eset)[___],
        main = ___(eset)[top2b, ])

Code bewerken en uitvoeren