Contrastmatrix voor 2x2-factorieel ontwerp

In een 2x2-factorieel ontwerp zijn er veel contrasten mogelijk. Je moet de verschillen testen tussen het type boom in elk van de watercondities, de verschillen in de respons op droogte voor elk van de bomen, en de verschillen in de respons op droogte tussen de twee boomtypes (traditioneel het interactie-effect genoemd).

Deze oefening maakt deel uit van de cursus

Differentiële-expressieanalyse met limma in R

Cursus bekijken

Oefeninstructies

Het ExpressionSet-object eset met de Populus-gegevens en de designmatrix die je zojuist hebt gemaakt (design) zijn in je workspace geladen.

Maak type_drought om het effect van het type boom (NM6 vs. DN34) in de droogteconditie te testen.
Maak water_dn34 om het effect van droogte in de DN34-bomen te testen.
Maak een interactieterm om verschillen in de respons op droogte tussen de twee boomtypes te testen (hint: contrasteer water_nm6 en water_dn34).

Praktische interactieve oefening

Probeer deze oefening eens door deze voorbeeldcode in te vullen.

# Load package
library(limma)

# Create a contrasts matrix
cm <- makeContrasts(type_normal = nm6.normal - dn34.normal,
                    type_drought = ___ - ___,
                    water_nm6 = nm6.drought - nm6.normal,
                    water_dn34 = ___ - ___,
                    interaction = (___ - ___) - (___ - ___),
                    levels = design)

# View the contrasts matrix
cm

Code bewerken en uitvoeren