Contrastmatrix voor groepsgemiddelden

Omdat je de parametrisering met groepsgemiddelden gebruikt, is er nu een extra stap in de limma-pijplijn. De coëfficiënten staan nu voor het gemiddelde expressieniveau van elk van de twee groepen monsters, dus je moet een aangepast contrast opgeven om verschillen tussen de progressieve en stabiele leukemieën te testen.

Deze oefening maakt deel uit van de cursus

Differentiële-expressieanalyse met limma in R

Cursus bekijken

Oefeninstructies

Het ExpressionSet-object eset met de leukemiedata en de ontwerpmatrix die je zojuist hebt gemaakt (design) zijn in je werkruimte geladen.

Gebruik makeContrasts om het contrast status te definiëren, het verschil in het gemiddelde expressieniveau tussen de progressieve en stabiele kankers.
Geef de ontwerpmatrix design door aan het argument levels. Hierdoor kunnen de kolomnamen van design (die overeenkomen met de coëfficiënten) gebruikt worden in de definities van de contrasten.

Praktische interactieve oefening

Probeer deze oefening eens door deze voorbeeldcode in te vullen.

# Load package
library(limma)

# Create a contrasts matrix
cm <- ___(status = ___ - ___,
                    levels = ___)

# View the contrasts matrix
cm

Code bewerken en uitvoeren