Test op differentiële expressie voor groepsgemiddelden

Nu je de designmatrix en de contrastmatrix hebt opgegeven, kun je testen op differentiële expressie.

Deze oefening maakt deel uit van de cursus

Differentiële-expressieanalyse met limma in R

Oefeninstructies

Het ExpressionSet-object eset met de leukemiedata, de designmatrix (design) en de contrastmatrix (cm) zijn in je werkruimte geladen.

Pas de modelcoëfficiënten met lmFit.
Pas de contrasten met contrasts.fit.
Bereken de t-statistieken met eBayes.
Vat de resultaten samen met decideTests. Je hoeft fit2 niet te subselecteren zoals je deed bij de treatment-contrasts-parametrisering, omdat er geen interceptterm is in het group-means-model.

Praktische interactieve oefening

Probeer deze oefening eens door deze voorbeeldcode in te vullen.

# Load package
library(limma)

# Fit the model
fit <- ___(eset, ___)

# Fit the contrasts
fit2 <- ___(fit, contrasts = ___)

# Calculate the t-statistics for the contrasts
fit2 <- ___(fit2)

# Summarize results
results <- ___(fit2)
summary(results)

Code bewerken en uitvoeren