Contrastmatrix voor 3 groepen

Om de verschillend tot expressie komende genen tussen elk van de 3 zuurstofniveaus te bepalen, moet je 3 paarsgewijze contrasten definiëren.

Deze oefening maakt deel uit van de cursus

Differentiële-expressieanalyse met limma in R

Cursus bekijken

Oefeninstructies

Het ExpressionSet-object eset met de hypoxiegegevens en de designmatrix die je zojuist hebt gemaakt (design) zijn geladen in je werkruimte.

Gebruik makeContrasts om de 3 paarsgewijze contrasten te definiëren. Denk eraan de kolomnamen uit de designmatrix te gebruiken, zonder aanhalingstekens.

Praktische interactieve oefening

Probeer deze oefening eens door deze voorbeeldcode in te vullen.

# Load package
library(limma)

# Create a contrasts matrix
cm <- makeContrasts(ox05vox01 = ___ - ___,
                    ox21vox01 = ___ - ___,
                    ox21vox05 = ___ - ___,
                    levels = design)

# View the contrasts matrix
cm

Code bewerken en uitvoeren