KEGG-pathways
Om differentiële-expressieresultaten te interpreteren, wordt vaak getest op verrijking in bekende gensets. De KEGG-database bevat zorgvuldig samengestelde sets van genen waarvan bekend is dat ze in hetzelfde biologische pathway samenwerken. Welke KEGG-pathways zijn oververtegenwoordigd in de differentieel tot expressie komende genen uit de leukemiestudie?
Deze oefening maakt deel uit van de cursus
Differentiële-expressieanalyse met limma in R
Oefeninstructies
Het gefitte modelobject van de leukemiestudie uit Hoofdstuk 2, fit2, is in je werkruimte geladen. Het pakket limma is al geladen.
Extraheer de Entrez Gene ID's uit het data frame
fit2$genes.Test op verrijkte KEGG-pathways met
kegga. Zet de soort op"Hs"voor Homo sapiens.Bekijk de top 20 verrijkte KEGG-pathways met
topKEGG.
Interactieve oefening met praktijkervaring
Probeer deze oefening door deze voorbeeldcode aan te vullen.
# Extract the entrez gene IDs
entrez <- fit2$genes[___]
# Test for enriched KEGG Pathways
enrich_kegg <- ___(fit2, geneid = entrez, species = ___)
# View the top 20 enriched KEGG pathways
___(enrich_kegg)