Padway-verrijking

Om het effect van de differentieel tot expressie komende genen in de doxorubicine-studie beter te begrijpen, ga je testen op verrijking van bekende biologische pathways die zijn samengesteld in de KEGG-database. Welke KEGG-pathways zijn oververtegenwoordigd in de differentieel tot expressie komende genen voor de contrasten "dox_wt" en "interaction"?

Deze oefening maakt deel uit van de cursus

Differentiële-expressieanalyse met limma in R

Cursus bekijken

Oefeninstructies

Het gefitte modelobject fit2 is in je werkruimte geladen. Het pakket limma is al geladen.

Extraheer de Entrez Gene ID's uit de data frame fit2$genes.
Test op verrijkte KEGG-pathways met kegga voor het contrast "dox_wt". Zet de soort op "Mm" voor Mus musculus.
Bekijk de top 5 verrijkte KEGG-pathways met topKEGG.
Herhaal de pathway-verrijking voor het contrast "interaction".

Praktische interactieve oefening

Probeer deze oefening eens door deze voorbeeldcode in te vullen.

# Extract the entrez gene IDs
entrez <- ___

# Test for enriched KEGG Pathways for contrast dox_wt
enrich_dox_wt <- ___(fit2, coef = ___, geneid = entrez, species = ___)

# View the top 5 enriched KEGG pathways
___(enrich_dox_wt, number = 5)

# Test for enriched KEGG Pathways for contrast interaction
enrich_interaction <- ___(fit2, coef = ___, geneid = ___, species = ___)

# View the top 5 enriched KEGG pathways
___(___, number = ___)

Code bewerken en uitvoeren