Contrastmatrix

Om het effect van doxorubicine op de harten van wildtype- en Top2b-nullmuizen te testen (en elke interactie tussen behandeling en genotype), moet je de coëfficiënten uit de designmatrix contrasteren.

Deze oefening maakt deel uit van de cursus

Differentiële-expressieanalyse met limma in R

Cursus bekijken

Oefeninstructies

Het ExpressionSet-object eset met de doxorubicinegegevens en de designmatrix design zijn in je werkruimte geladen. Het limma-pakket is al geladen.

Maak dox_wt om het effect van doxorubicine bij de wildtype muizen te testen.
Maak dox_top2b om het effect van doxorubicine bij de Top2b-nullmuizen te testen.
Maak een interactieterm om verschillen in de respons op doxorubicine tussen de twee typen muizen te testen (hint: contrasteer dox_top2b en dox_wt).

Praktische interactieve oefening

Probeer deze oefening eens door deze voorbeeldcode in te vullen.

# Create a contrasts matrix
cm <- makeContrasts(dox_wt = ___ - ___,
                    dox_top2b = ___ - ___,
                    interaction = (___ - ___) - (___ - ___),
                    levels = design)

# View the contrasts matrix
cm

Code bewerken en uitvoeren