Maak een boxplot met een ExpressionSet-object
Nu je alle experimentele data hebt samengebracht in één ExpressionSet-object, is het handiger om features en samples te subselecteren. In deze oefening maak je opnieuw een boxplot om één gen te visualiseren, maar dit keer subset je ook de samples die in de plot worden opgenomen.
Deze oefening maakt deel uit van de cursus
Differentiële-expressieanalyse met limma in R
Oefeninstructies
De ExpressionSet eset is geladen in je werkruimte.
Subset
esetnaar alleen de eerste 10 samples (kolommen).Maak een boxplot van het 1000e gen (dus de rij) in
eset_submet behulp van de accessor-functiesexprs,pDataenfData.
Praktische interactieve oefening
Probeer deze oefening eens door deze voorbeeldcode in te vullen.
# Subset to only include the first 10 samples (columns)
eset_sub <- eset[___]
# Check the dimensions of the subset
dim(eset_sub)
# Create a boxplot of the 1000th gene in eset_sub
boxplot(___(eset_sub)[___, ] ~ ___(eset_sub)[, "Disease"],
main = ___(eset_sub)[___, "symbol"])