Gene ontology-categorieën

In de vorige oefening testte je op verrijking van biologische pathways. Nu ga je testen op verrijking in genensets die hetzelfde biologische proces beïnvloeden, bekend als gene ontology (GO)-categorieën. Welke GO-categorieën zijn oververtegenwoordigd in de differentieel tot expressie komende genen uit de leukemiestudie?

Deze oefening maakt deel uit van de cursus

Differentiële-expressieanalyse met limma in R

Cursus bekijken

Oefeninstructies

Het gefitte modelobject van de leukemiestudie uit Hoofdstuk 2, fit2, is geladen in je werkruimte. Het limma-pakket is al geladen.

Haal de Entrez Gene-ID’s op uit het data frame fit2$genes.
Test op verrijkte GO-categorieën met goana. Stel de soort in op "Hs" voor Homo sapiens.
Bekijk de top 20 verrijkte GO-categorieën met topGO. Zet het argument ontology op "BP" om Biological Processes terug te krijgen.

Praktische interactieve oefening

Probeer deze oefening eens door deze voorbeeldcode in te vullen.

# Extract the entrez gene IDs
entrez <- ___

# Test for enriched GO categories
enrich_go <- ___(fit2[1:500, ], geneid = ___, species = ___)

# View the top 20 enriched GO Biological Processes
___(enrich_go, ontology = ___)

Code bewerken en uitvoeren