Test op differentiële expressie voor een 2x2-factorieel ontwerp

Ook al heb je meer contrasten dan in de eerdere voorbeelden, het testen op differentiële expressie met limma volgt nog steeds dezelfde workflow.

Deze oefening maakt deel uit van de cursus

Differentiële-expressieanalyse met limma in R

Cursus bekijken

Oefeninstructies

Het ExpressionSet-object eset met de Populus-gegevens, de designmatrix (design) en de contrastenmatrix (cm) zijn in je werkruimte geladen.

Pas de modelcoëfficiënten met lmFit.
Pas de contrasten met contrasts.fit.
Bereken de t-statistieken met eBayes.
Vat de resultaten samen met decideTests.

Praktische interactieve oefening

Probeer deze oefening eens door deze voorbeeldcode in te vullen.

# Load package
library(limma)

# Fit the model
fit <- ___(eset, ___)

# Fit the contrasts
fit2 <- ___(fit, contrasts = ___)

# Calculate the t-statistics for the contrasts
fit2 <- ___(fit2)

# Summarize results
results <- ___(fit2)
summary(results)

Code bewerken en uitvoeren