Batch-effecten visualiseren

In het experiment met olfactorische stamcellen waren er 7 behandelingen met elk 4 replicaten, in totaal 28 monsters. Deze 28 monsters zijn echter in 4 afzonderlijke batches verwerkt. Het effect van de behandelingen is biologisch interessant, maar het effect van de batches is technische ruis. Gebruik dimensiereductie om te bepalen welk van deze twee effecten een grotere impact had op de genexpressiedata.

Deze oefening maakt deel uit van de cursus

Differentiële-expressieanalyse met limma in R

Cursus bekijken

Oefeninstructies

Het ExpressionSet-object eset met de olfactorische stamceldata is in je werkomgeving geladen.

Gebruik plotMDS om de hoofdcomponenten te plotten. Label de monsters met de behandeling die ze kregen en zet gene.selection op "common".
Visualiseer de hoofdcomponenten opnieuw, maar label de monsters nu op basis van hun batch.

Praktische interactieve oefening

Probeer deze oefening eens door deze voorbeeldcode in te vullen.

# Load package
library(limma)

# Plot principal components labeled by treatment
___(eset, labels = pData(eset)[, "___"], gene.selection = "___")

# Plot principal components labeled by batch
___(eset, labels = pData(eset)[, "___"], gene.selection = "___")

Code bewerken en uitvoeren