Ontwerpmatrix
De doxorubicinexperimentopzet is een 2x2 factoriëel design, dus je moet een gecombineerde variabele maken voor de groepsgemiddelde parametrisatie.
Deze oefening maakt deel uit van de cursus
Differentiële-expressieanalyse met limma in R
Oefeninstructies
Het ExpressionSet-object eset met de doxorubicinedata is geladen in je werkruimte.
Combineer de variabelen
genotype(WT vs. Top2b null) entreatment(PBS vs. Dox) tot één factorvariabele.Gebruik
model.matrixom een ontwerpmatrix zonder intercept te maken.
Praktische interactieve oefening
Probeer deze oefening eens door deze voorbeeldcode in te vullen.
# Create single variable
group <- with(___(eset), paste(___, ___, sep = "."))
group <- factor(group)
# Create design matrix with no intercept
design <- model.matrix(~___ + ___)
colnames(design) <- levels(group)
# Count the number of samples modeled by each coefficient
colSums(design)