Test op differentiële expressie

Nu je een designmatrix en een contrastenmatrix hebt gedefinieerd, kun je testen op differentiële expressie door de behandeling met doxorubicine in de twee muizentypen.

Deze oefening maakt deel uit van de cursus

Differentiële-expressieanalyse met limma in R

Cursus bekijken

Oefeninstructies

Het ExpressionSet-object eset met de doxorubicinegegevens, de designmatrix design en de contrastenmatrix cm zijn in je werkruimte geladen. Het limma-pakket is al geladen.

Pas de modelcoëfficiënten met lmFit.
Pas de contrasten met contrasts.fit.
Bereken de t-statistieken met eBayes.
Vat de resultaten samen met decideTests en vennDiagram.

Praktische interactieve oefening

Probeer deze oefening eens door deze voorbeeldcode in te vullen.

# Fit the model
fit <- ___(eset, ___)

# Fit the contrasts
fit2 <- ___(fit, contrasts = ___)

# Calculate the t-statistics for the contrasts
fit2 <- ___(fit2)

# Summarize results
results <- ___(fit2)
summary(results)

# Create a Venn diagram
___(results)

Code bewerken en uitvoeren